No. Las operaciones realizadas dentro de una Zona Franca o Zona Especial de Desarrollo están exoneradas del IGV, por lo que no corresponde efectuar prorrata del crédito fiscal. El Informe N.° 136-2016-SUNAT/5D0000 establece que las operaciones efectuadas entre usuarios dentro de una zona franca se encuentran exoneradas del IGV y del Impuesto de Promoción Municipal (IPM). Asimismo el Tribunal Fiscal N.° ha precisado que las operaciones fuera del ámbito de aplicación del IGV no pueden ser consideradas como operaciones no gravadas para efectos del prorrateo, ni habilitan a la Administración a aplicar un procedimiento de prorrateo no previsto en la normativa.

Por tanto, las empresas que operan en zonas francas no deben realizar prorrata del IGV respecto a sus compras, al no existir afectación parcial ni proporcional del impuesto.

BASE LEGAL: Informe N.° 136-2016-SUNAT/5D0000 y Resolución del Tribunal Fiscal N.° 11831-1-2015