La estructura funcional es la que agrupa las funciones de una entidad sin personería jurídica (p.e. los programas y proyectos) en unidades funcionales, y establece las líneas de autoridad y mecanismos de coordinación para el logro de sus objetivos (literal 7.3 del artículo 7 de los Lineamientos de Organización del Estado) El Manual de Operaciones desarrolla la estructura funcional de las entidades sin personería jurídica.
La estructura orgánica agrupa las competencias y funciones de una entidad pública en unidades de organización y establece las líneas de autoridad y mecanismos de coordinación para lograr sus objetivos (literal 7.1 del artículo 7 de los Lineamientos).
